تتكون هياكل المؤسسة من:
المجلس الإداري:
يعمل طبقا للاختصاصات المتعلقة بالتسيير الإداري والمالي والتربوي للمؤسسة. فيصادق على الأنظمة الداخلية، ويحدد اعتمادات التجهيز والتسيير، ويعد أنظمة الدراسة والامتحانات ومراقبة سير المسارات التكوينية وبثها وتقويمها. ويقترح تكوينات موازية، ويمارس السلطة الجزائية والتأديبية وفق الشروط المحددة بنص تنظيمي يضعه المركز، ويعمل على إحداث اللجان الدائمة والمتغيرة.
المجلس التربوي:
يعمل على متابعة تنفيذ المقررات الدراسية، وتقويم الأداء العلمي والأكاديمي للأساتذة والمنتسبين للأكاديمية، ويسهر على إعداد التقويمات والاختبارات، وتنبثق عنه اللجنة العلمية ولجان المداولات ومناقشة الرسائل ولجان الإشراف والإرشاد التربوي.
اللجان الدائمة:
- لجنة التربية والتكوين: تهتم بكل ما يتعلق بشؤون التربية والتكوين، وتقوم بدراسة اقتراحات الدبلومات والوحدات والمواد، والمفردات. وتقدم مقترحات للجنة العلمية والمجلس الإداري لإصلاحها، أو لتحسين جودة الأداء البيداغوجي للأساتذة، كما تعمل على معالجة قضايا السير التربوي العادي، والتنسيق بين الدبلومات والوحدات، واقتراح وسائل تيسر سبل التكامل فيما بينها.
- اللجنة المالية: تعمل على تتبع الميزانية، وضبط المداخيل والمصاريف، وإعداد تقرير دوري بها، وتقدم اقتراحات عملية في ما يتعلق بتحملات الميزانية، وبتنمية الموارد المالية، وحسن تدبيرها.
- لجنة المعلوميات والتواصل: تعمل على تحيين الموقع ومتابعة عمليات التسجيل والبث والاتصال بالأساتذة والطلبة ووضع النماذج الإلكترونية للتسجيل والتقويم والاختبارات والتصحيح والمحاضر والتقارير وعرض النتائج.
- لجنة التقويم والجودة: تسهر على تنفيذ المواد المتعلقة بالتقويم والجودة الواردة في القانون الأساسي.
اللجان المتغيرة:
اللجان المتغيرة هي لجان الاختبارات والمداولات، ومناقشة الرسائل، واللجان التي تنعقد لأغراض الإشراف والإرشاد التربوي للطلبة الباحثين.
